Ein wichtiger Teil der Echokardiographie ist die Untersuchung des Blutflusses im Herzen. Mit einer so genannten Doppleruntersuchung kann der Blutfluss sowohl in seiner Geschwindigkeit als auch in seiner Richtung erfasst werden. Weiterhin werden Klappeninsuffizienzen, Stenosen (Verengung von Gefäßen) oder auch angeborenen Herzmissbildungen untersucht.
Durch die so gewonnenen Erkenntnisse ist eine gezielte Behandlung von Herzerkrankungen möglich. Bei züchterischen Fragestellungen wird die Echokardiographie eingesetzt. So können angeborene, noch verborgene Herzerkrankungen (z.B. HCM der Katze oder Aortenstenose beim Boxer) festgestellt werden.